Ten Simple Rules for Getting Published

Ten Simple Rules for Getting Publishedという記事が PLoS Computational Biologyに掲載されている。「論文を通すための十箇条」とでもいったところか。正直言って僕はほとんどどれも守っていない。よく生き残ったもんだなあ。

Nature 論文：利他行動

ちゃんと読んでから書こう、とか思うと結局書けないので、いま書いておく。Nature 10/27号には利他行動についての最近のレビューが掲載されている。利他行動は、ハミルトンらによって血縁がある場合には意味があることが解明され、次に、何度も繰り返すことで赤の他人とでも、意味があることが示された。残された問題は「なぜ、人間は、二度と会わないだろう他人にも親切にするか？（例えば、道を聞かれれば教えてあげるし、親切な人ならそこまで連れていってあげるだろう）」という問題である。これはindirect reciprocityと言って、（間接的な互恵とでも訳すのかな？）不特定多数に親切にすることで、自分が初対面の人に親切にしてもらえることが保証される、という仕組みで維持されているらしいことが解ってきた（らしい）。同じ号にはチンパンジーは自分が損しない状況でも他人には親切にしないという報告も載っており、興味深い。人間にもっとも近いはずのチンパンジーがこれほど人間と対照的だとは。これこそが、実は、我々とチンパンジーの差なのかもしれない。

Nature論文：水を登る小昆虫

Nature 9/29号には「水を登る小昆虫」の話題が掲載されている。Supplementary informationにあるムービーを見てもらったほうが早いが、コップの水面をよくみると、縁の水面がちょっと盛り上がっているのが解る。ここは小さな虫にとっては「水の坂道」のようなもので登りようがない。しかし、表面張力をうまく使って、「泳がずに登る」方法を進化で獲得したよ、という様なネタである。面白いですね。

Nature 論文：自己複製ロボット

レムの「砂漠の惑星」には小パーツからなり自由自在に離合集散を繰り返すロボット生命体が登場するが、Nature 9/29号にはその原型とも言うべき自己複製ロボットの実験が報告されている。ムービーではランダムなパーチ配置から自己複製する様子を見ることもできる（緑のラインが「ロボット」だが、これはあとからデジタルで着色したのであり、最初から色がついていたのではない）。一本のロボットが４本に自己増殖する様子を見ることが可能だ。

Nature論文：流砂

Naure 9/29号に流砂の話題が扱われている。紹介しようと思ったがすでにここにいい解説があるようなのでリンクを張っておしまい。

Nature論文：砂丘の成り立ち

かなり前のNatureにおもしろい論文がいっぱい掲載されていて、紹介しようしようと思っているうちに時間がすぎてまった。まずは9/29号に掲載されていた「砂丘の成り立ち」。砂丘にはバルハン砂丘という三日月形の砂丘があり、その形成過程はよくわかっていない。この記事では三日月形は安定な形ではなく、端からばらばら崩壊して「子供」のバルハン砂丘を作りあがら、全体として（大きいのも小さいのもこみで）集団である「定常状態」になっているんじゃないの？というようなことが観測結果から解った、という論文。きれいな写真なんかも掲載されていて楽しいのだが、購読してないと見られないのが残念。誰でも見られるSupplementaｒｙ Informationにはカラー写真も入っているのでバルハンの写真をみたい、というひとは見てみるといいだろう（バルハン砂丘についてはここでも触れた）。

査読その後

この論文はほとんど改訂されていないことが判明。この著者らがnMDSが何かを理解しているとは思えない。Editorにrejectを勧めることになるだろう。気の毒だが。

砂論文刊行

ここで触れた砂の論文はやっと公開されたようだ。Springerは丁寧で、いちいち「お前の論文は刊行されたよ」とメイルをくれるようだ。公開された、と言ってもうちの大学はこの雑誌を購読していないから、読むことは出来ない。ここでプレプリを読んでもらうしかない。刊行されるまで実に長くかかった。ほぼ、１年半だ。この論文はおそらく、砂論文としても、学生と書く論文としても僕の生涯最後の論文になる、という意味では感慨深い。

査読

この論文のrevisedが送られてくる。再査読しなくては。著者には僕のコメントはかなりばかにされたちようでdoneとだけ書いてある。やはり、これだけ畑違いだと妥当なコメントはできない。

Charlie Campbell からのメイル

昔、粉体をやっていた頃の知り合い（アメリカ人）からメイルが来て、いろいろやりとり。随分と昔に書いたたった数ページのプロシーディングスの論文を引用したいが手に入らないので送ってくれ、というメイル。あまりの誠実さに驚く。というか研究者って本当はこうじゃないといけないのかな。本を引っ張り出してデジカメで撮影し、送ってやった。粉体はもうやめた、と言ったら、返事が　I'm sorry to hear that.　But you are not forgotten.　なのには参った。

Science 記事:女性の算数力

Science 24 June 2005, p.1871 に"Gender Differences in Mathematics"
という本の書評が掲載されている。

本の主題は

"The contributors explore the question of why females consistently score lower　than males on standardized tests of mathematics although such performance　differences are not found in the classroom."

つまり、「女の子は点取虫」(逆に言うと「成績のわりにはぱっとしない」)
というみなさんにはミミタコの話題の「科学的な」研究です。

いろいろ書いてありますが、非常に簡単に言ってしまえば

"women who indicated their gender before the test scored significantly lower　on the [Advanced Placement]-Calculus exam than women who indicated their　gender following the test."

ということです。テストのときの"indicate gender"が何を意味するのか
不明(解答用紙の性別の欄に印でもつけるんでしょうか?)ですが、
要するに「試験の前に女だということを思い出させると、
試験後に女だと思い出させるより確実に算数のテストの点が下がる」
という驚くべき結果を示唆しています。
「君は女だ」というだけで点が下がるとは恐ろしい。
#この効果はいい方にも働くこともあって、面白いことに
"Another study found that the mathematics performance of Asian American　females was enhanced by priming them with their ethnicity and degraded by　priming them with their gender"
#だそうです。つまり、アジア系アメリカ人女性は、「女だと」言われると点は「下がる」が
#「エスニックだ」(アメリカでは勤勉だ、というイメージがあるのでしょう)
#と言われると点が「上がる」(笑)

理系女性の持たされているハンディは思いのほか、おおきいのだと痛感した。

Barcode of Life(続報）

ここで紹介したこの論文をnMDSでやろうとしている。しかし、鳥のorderやfamilyなんてしらないからここで調べたりして悪戦苦闘。随分、時間がかかってしまった。orderレベルだと大体、まとまっているように見える。おそるべしBarcode of Life。

粉粒体の論文（続報）

この論文をエディタの意見に従って改訂して送り返したら、また、丁寧なコメントをもらった。勿論、なおさなくても掲載は決定だが、なおした方がいいんじゃないの？という類のコメントである。NatureのN&Vに記事を書くくらいの大物になったんだからさぞかし忙しいと思うのに、よくこんなある意味「どうでもいい」論文に時間をかけてくれるものだ。本当に偉いやつだ。

Nature 論文： 一般制限問題の解の存在

Nature 6/9号に、一般制限問題の解の存否が、相転移として扱えて、相転移点が厳密に評価できるという論文が掲載されていた（N&V, 論文本体）。要するに０か１をとる変数がk個あるとして、それらの間の制限（つまり、関係式）がいくつになったら「解がなくなるか」という問題。答えは大体2^kln 2くらいだそうである。つまり、とてつもなくたくさん制限条件が無い限り、解はある、ということらしい。普通はもっと条件が厳しいような気もする。
この様なことは本当はnMDSでも考えるべきなんだろう。N個の点をＤ次元の空間に埋め込むとき、あらかじめ与えられた距離の大小関係に従うように点を埋め込め、という問題である。この場合、Ｎ個の点の間の距離はN(N-1)/2個ある。これをある順番で並べるのだから大きさが隣り合った距離同士の大小関係でいいのだから、制限条件はN(N-1)/2しかない。一方、Ｄ次元の空間にN個の点なら、変数はＮＤ個ある。制限の数はほんのちょっとしかないが、一般にはほとんどの場合「解がない」のがnMDSである。変数の指数関数個制限が無い限り答えがあるというこの論文で扱っている問題に比べると随分と条件が悪い。nMDSはそれだけ難しい問題、ということか？まあ、当該論文を僕が理解してないだけかもしれない。

Nature 論文：惑星の玉突き

太陽系には３つの特異な性質があるそうである。これが、土星と木星の周期が同期していたという単純な事実で説明可能という３つの論文が掲載されたようだ(N&V,Latters 1 2 3)。これは非常に面白そうだと思う。まあ、自分で研究している時間はもはやなさそうではあるが。

EEGと眼球運動

大学院の講義の準備をしていたら、こんな論文をみつけてしまった。EEGの信号から眼球運動をとりのぞく、という論文。なんと２００５年の刊行だ。こんなことはnMDSでやってここやここで書いておいたがちゃんと論文にしなかった。もっとまじめにやって置けばよかった。大失敗（ｎＭＤＳでできることはここに書いておいた）。

Barcode of Life

Barcode of life関係の論文をいくつか読んだ。まずはこれとこれ。動物をバーコードして、分類しようという話。非常におもしろい。あと、これは植物（被子植物）をバーコードして分類する話。こっちはまだまだ「バーコード領域」の探索段階。今後に期待しよう。

Science 論文: C. elegans のRNAi

C. elegans のRNAiの実験がまた掲載されている。すっかり遅れをとってしまった。これまた全然、勉強が足りない。本当、サボりすぎだなあ。

Nature 論文： ウシの結核の流行

イギリスにおけるウシの結核の流行を解析・予測するという記事が掲載されている(N&Vに解説あり：日本語）。「ウシの移動」が流行に大きな要因となっているということを統計的に示した仕事らしい。面白いとは思うが、よく聞くのでいつか勉強しないといけないと思っているmultiple logistic regressionが解らないのでよく解らない。不勉強すぎるなあ。もっと勉強しないと。

Nature 記事：進化の階梯

人間を進化の階梯の頂上に置くのはどうかと思う、というエッセイがNatureに掲載されているが、何をいまさら、という気がしないでもない。どういうつもりでこんなエッセイを今頃掲載するのだろうか。意図は不明ではある。

Skipping stones

Nature 5/19号のResearch Highlightsのコーナー(p251)に早川美徳さんらのＰＲＬ掲載ペーパーが取り上げられていた。ＰＲＬの方は読んでないけど、どこかで聞いたことがあり、確かＳＰＨで石の水切り（水の上を石がジャンプするやつ）のシミュレーションをしていたのじゃないかと思う。ＰＲＬに載ったのか。その上、Natureでも取り上げられるとは。きっとご本人は気づいてないよな。誰か、教えてあげて。

研究者のスケールフリー

いい研究をする方法に長文のトラックバックがついたので興味のある方はどうぞ。これを書いた方は「孤軍奮闘モード」の方なのに、「学者のネットワーク」に興味をもたれるというのはある意味で逆説的で面白い、と思いました。

いい研究をする方法

書くこともないから論文の感想でも。ちょっと前のScienceにいい研究をする方法、という論文が載っている。これは過去の論文の共著関係から研究者ネットワークを解析した論文で、今流行のスケールフリーネットワークの話である。ただし結論は月並みで、有名で力のある研究者と共同研究しろ、というもの。まあ、ネットワーク構造に注目すれば、共著者の多い、アクティブな研究者がハブになって研究を進めている、ということになるだろうから、そういう結論もうなづける。逆にいうとちょっとつまらない論文かもしれない。この論文のPerspectiveｓを書いているバラバシは、ハリ＝セルダンなんか持ち出してちょっとはしゃぎすぎ。まあ、飛ぶ鳥も落とす勢いだから仕方ないか。

Intelligent design

Intelligent designというものがあるそうだ。進化だけじゃ、生物はつくれない（複雑すぎて）。神様が関与したはずだ。という説。日本だとまともな人はこんなもの信じないと思うがアメリカでは、大学で随分と流行しているそうだ。悩ましいのは、学生たちがずっと信じてきた信仰と大学で学んだ自然科学の知識との齟齬に苦しんだ結果、この様な妥協策におぼれるということ。大学で正規の授業として教えようという動きもあるらしい。日本人はもともと、あまり強い信仰を持ってないから大学で理系の知識を学んでも、こういう軋轢には苦しまないのだろうな、きっと。それにしても
"The point here is that Americans don't want to be told that God had nothing to do with it. And that's the way the intelligent-design people present evolution."(問題はアメリカ人は神様は何もしなかったなどと言われたくないことだ。これがIntelligent designが流行している理由なんだ）
とは恐ろしい。信仰深いブッシュが大統領に選ばれる国だなあ、さすが。

粉粒体の論文

随分前に投稿して、音沙汰がないのですっかり忘れていた論文の受理通知が突然、届く。これはもともとはJPSJに投稿したのだが、レフェリーのレポートがあまりに感情的かつ不条理なので嫌になってここに投稿しなおしたものだ。レフェリーとのやりとりもあったのだがあまりに間欠的なのですっかり忘れていた。もう通らないものだとあきらめていた。が、とおる物なんですね、論文って。基本的にこれは院生さんの仕事なんでまあ、良かった。でも、１年以上前の卒業でもう連絡も取れないし。どうしよう。

Nature 記事：動物分類

Nature 4/28号に動物分類は新説が正しいという記事が掲載されている。昔の左右対称な動物の分類は体腔の有無や形状に注目して成されていたが、今は脱皮するかどうかとかで分類される方が新しい。線虫なんかは見た目はウジ虫みたいだが、脱皮するので昆虫の仲間になる。前者は形態による分類、後者は遺伝子の系統推定にサポートされた分類である。後者は１９９０年代に登場したが、１９９０年も終わりになって、ゲノムプロジェクトがいろいろな種で完遂されるようになると、またまた古い考えが正しいという説がサポートされて混乱していた。線虫が脱皮するから昆虫の仲間と言われても違和感があるが、今回の研究でいろいろな種から網羅的に遺伝子の断片を集めれば、新説がやっぱり正しいということがサポートされると解ったようだ。残念ながら原論文は僕にはアクセスできないのでこれ以上細かいことは不明である。

Science 論文：脳の相互作用

読みはじめたばかりですが、結局、読み終わらないかもしれないので、書いておく。ゲームしたときの脳の相互作用をfMRIで計測、とかいう論文が掲載されている。この前、久しぶりにいっしょに飲んだとき、Iさんがこんな様な研究をしているようなことを言っていたような気もするが、こういうのは流行りなのかな？もし、時間があればもっと説明を書くかも。

Nature 論文：RNAi on C.elegans

ずいぶん前の論文なんだけど、とりあえず、忘れてしまうから書いておこう。RNAiをつかってC.elegansの初期胚発生に不可欠な遺伝子を網羅的に探すという論文が掲載されている（３／２２号）。膨大な動画像がオンラインで見られるのがすごい。よくこれだけの動画像を解析して整理したと思う。こういうのはnMDSで自動的に分類、とはいかない。なかなか難しいことだ。（動画の見方：例えばdefect map をクリックすると遺伝子発現の一覧が現れるので、適当にクリックすると遺伝子の一覧が得られる。遺伝子名をクリックすると動画像のあるページに行く。Quick TimeなのでLinuxで見るにはmplayerとかが必要みたい。でも、mplayerはうまく動くときとだめな時があるようだ。）

Bioinformatics 論文: 時系列部分解析で遺伝子発現度をみる

Bioinformatics誌に遺伝子発現度の時系列データを解析するときには部分列を見た方が良いよ、という論文が掲載されている。言われてみればその通りかも。だんだん、「各論」の論文が増えていく中でもまだまだこんな一般論が掲載されるとちょっとほっとする。

遺伝子発現度の時系列データの解析一般のレビューとしてはこれがあげられている。このレビューは３３ページと短いけど、よく書けているな。これがレビューの著者のページ。まだドクターの学生なのか。しかも、目のさめるような美人だし。才色兼備とはこのことだな。このレビューの著者の所属ってSensing, Imaging and Signal Processing Groupなんだよね。要するに、生物学者じゃない。Bioinformaticsに論文を投稿したときに「生物学的な意味は何か」としつこく聞かれて困惑したけど、確かにこういうのりの人が方法だけでどかどか論文書いたら生物学の論文がのっとられちゃうよね。この人は参加しているコンファレンスも全然生物系じゃないし。だけど、The title of my Phd is "Modelling and Clustering of Gene Expression Time-Series". なんて平気で書いちゃうんだよなあ。これってやっぱり、問題かも。おまえはなんなんだ、と言われそうですが、僕は一応、「生物学」に興味あるつもりなんでいっしょにしないでね。

Science 論文: 細胞の動的ネットワーク

Science 3/11号に細胞の動的ネットワークという論文が掲載されている。ネットワークが書いてあったり、データがあったりでnMDSでやるにはいいかなと思うが、ちょっとちゃんと読む時間がなかった。

Nature 論文：眼球運動

Nature 3/17 号に眼球運動で視覚認知を議論する論文が掲載されている。ごちゃごちゃした背景にマークが埋め込まれている場合に、どこにマークがあるか探すわけだが、はっきり見える網膜上の部位は限られているから、どう目を動かすと最適か、ということが問題になる。この論文ではベイズ統計で議論しているが、理想的なベイズ統計は使っていないものの、似たようなことにはなっている。認知にベイズ統計という論文はよくあると思うが、実際に統計を使う機能が進化するというのはなかなか面白いと思う。

Science 記事：言語のネットワーク

Natureの3/17号に言語の構文法は自動的に形成されるという記事が載っている。個々の単語を同じ物と関係しているかどうか（例：食べ物という事物は「食べる」という動詞にも「有機物」という単語にも関係しているので「食べる」という単語と「有機物」という単語をつなぐ）で結合させるネットワーク構成をするとジッフ則まで出てくるという。文章を話すのは案外簡単？

カーネル法とＭＤＳ

結局、カーネル法とＭＤＳの関係はOn a Connection between Kernel PCA and Metric Multidimensional Scalingという論文（Machine Learning, vol. 46, pp.11-19, (2002) )に書かれているようであった。要するにカーネル法は類似度がカーネルであるＭＤＳにすぎない、ということのようだ。簡単な話だった。じゃあ、なぜ、カーネル法が騒がれるか？解らない。

Nature 論文：絶滅周期

Nature最新号に新しい絶滅周期が発見されたという論文が掲載された。５大絶滅とか有名ですが、その同じデータなのに、６２００万年の周期があることに誰も気づかなかった。ポイントは周期を見る前に３次の多項式でトレンドを除去したことにある。これぞコロンブスの卵。あまりにも周期がはっきりしているのでなぜこんな周期があるのか大騒ぎになるだろうとのこと。それにしてもこの論文を書いたのはバークレーの物理学者だとか。うーん、僕でも書けたかも。残念。

Science 特集：カッシーニ

ほとんど自分用のメモ状態だがカッシーニ特集。こういうのをのんびり読めるほど暇ならきっと幸せなんだろうなあ。
ちょっと読んだだけでもう次の号が来てしまったのであまり読まないとおもうので、目についたことだけ。何より、リモートの観測（人間は行ってない）なのにここまでのデータがとれることがすごい。目につくのは高精細な画像の数々。いずれは動画をリアルタイムで送信できるようになるだろう。そうなれば「時差」以外は人間が行っているのと変わらなくなるだろう。磁気データの豊富さもすごい。ダイナモ（磁場を作る機構）とかまで議論できてしまうようだ。おそろしいとしいいようがない。本当にすごい。

Nature 論文：錯視の法則

Nature 3/4号に錯視の論文が掲載されている。この図は表紙からだが、ヒッチコックのシルエットとおぼしいこれらの画像には、実は、何の違いもない。背景の色調の違いがこれを生み出す。実はこういうことには興味があってコンピュータ・グラフィックスという講義でこのネタを取り上げたばかりだ。院生さんと論文も修論も書いた。(しかし、論文の方は投稿したものの、査読で戻ってきてしまい、このままお蔵入りの模様である）。講義のページには面白いプレゼンへのリンクもはって置いたので見て欲しい。

追記：続きを読んだので内容をちょっと書いておこう。どうしてこれらの絵が違って見えるか？これらの絵はあたかも霧の向こうに絵があるように描かれている。霧の色は一方が白で一方が黒。すると、黒い霧の向こうのものは、本当はもっと白いはずだ、と視角は判断し、現実より白い色を我々に認識させる。一方、白い霧の向こうのものは、もっと黒いと解釈される。この結果、同じ色なのに違って見えるのだ。ここには面白い動画もあるみたいなんで、見てみよう！

Nature 論文：代謝ネットワークの分類

Nature 2/24 号に
複雑な代謝ネットワークの分類という論文が掲載されている。ポイントは、ネットワークの結合具合を解析して、強く結合する集合（モジュール）をみつけるアルゴリズムを開発したこと。modularityという概念があり、簡単に言うと、モジュール間の結合が最低になるように、モジュールを定義するのである。これのペナルティ関数を導入してシミュテーテッド・アニーリングでペナルティ関数を最小化してモジュールをみつける、という方法である。まだ、後半のモジュールの生物学的な意味までは読めてないが、こういうのはどうなのかな、という気もする。一方でスケールフリーとか言いながら一方ではモジュールとか言ってるし、両立するのだろうか？よく解りません。

Science 論文：受動歩行ロボット

二足歩行玩具というものがある。斜面をとことこ歩いていく奴だ。それがいかにも「歩いている」という感じなので生きているような感じがして面白い。Science の2/18号には二足歩行玩具に動力をつけて平面を歩けるようにすることで人間の二足歩行を研究するという論文が掲載されている。僕は専門家じゃないけど、どうも、こういうやり方をすると省エネルギー的にすぐれた歩行機械になるようだ。つまり、二足歩行玩具がいかにも「歩いている」ように見えたのは、実際に我々がそうやって歩いていたから、ということかもしれない、ということだ。すっと前に多賀厳太郎さんが二足歩行のシミュレーションをやっていたが、彼からみるとこういう論文はどう見えるんだろうか？意見を聞いてみたものだな（こういうときにみんながブログをもっていればトラックバックするだけで済むけれどそうはいかないのが残念）。
参考：ここにあるムービーは誰でも見られるはずだから見てみよう！

Science 記事：生物をバーコードする

Science 2/18号に生物をバーコードするという記事が掲載されていた。要するに勘と経験に頼りがちな分類学をDNAの断片で種を区別するようにして客観化しよう、という試みなのだ。そのためには「種内変異」は少なくて「種間変異」は大きなDNAの部位の発見が欠かせない。この記事ではCOI（ミトコンドリアゲノムの一部らしい）というものが有力候補らしいが、両生類ではうまくいかないらしいことも書かれている。いずれにせよ、ここまで来たかと感慨深い物がある。
参考：CBOL

Science 論文： 神経活動をPCAする

ちょっと遅れ気味なのだが、Scienceの2/11号に ヒルの神経活動をPCAするという論文が掲載されている。勿論、論文の主眼はそういうことじゃないのだが、要するに、百個以上のニューロンの活動を記録してPCA(主成分分析）で処理して次元を落とし、ニューロンの活動と行動を関係づけよう、という試みである。これはもろにnMDSでやるべき仕事ですな。しかし、手が足りないのですが。

Science 論文: ネアンデルタール人の代謝と骨格

Science 2/11 号にネアンデルタール人の代謝が現代人よりずっと高く、エネルギー収支がかつかるだったろう、という論文と骨格から遺伝的関係性を議論しようとしても難しいよ(ネアンデルタール人はヨーロッパ人の直系の祖先だと「誤認」されていたのはそうそう昔のことじゃない）という記事が掲載されていた。こんな風に物理っぽい研究や数理統計的な研究がきちっと「文系っぽい」分野と結びついているところは欧米の強みだと思う。NEANDERTALS REVISITED MEETINGとかいうミーティングの講演内容らしいけれど。WEBではヒットせず。

Bioinfromatics 論文

Bioinfromaticsに対応分析でケース分類という論文が掲載されていた。というか、まあ、あたりまえの結果しか出てないようにも見える。nMDSで同じことをやったとして、意味はあるのか？
追記：やっぱやってみたけど、同じだよなあ。

Scince 論文：ハキリアリのカビの排他性

Science 2/4号にハキリアリの栽培するカビには排他性があるという論文が載っていました。ハキリアリは葉を切り取って持ち帰り、それを苗床にカビを栽培してそのカビを食べるという習性をもっていますが、なぜ、ハキリアリは複数の種のカビを育てずに単一の種のカビを育てるかが解らなかった。今回、なんと、カビの方が他種を排除してアリに育てさせないという機能をもっていることが判明しました。人間の農耕も長い年月がたつと、稲が麦を攻撃したりするようになるんだろうか。カビ恐るべし。栽培されるだけが能じゃない！

Bioinfromatics 論文： 遺伝子プロファイルを縮約する

古い論文ですが遺伝子プロファイルを縮約する論文を読みました。基本的に、PCAなんかと同じですが、因子分析みたいに特性量（因子）を別に定義してから、その線形結合でプロファイルを推定する、という感じ。というか、ベイズを使っていることを除くとこれは因子分析そのものなんでは、という気もしますが。どうなんでしょう。

「情報処理」 論文：特集 「ポストゲノム時代に高まるバイオ自然言語処理への期待」

「情報処理」の２００５年２月号に
ポストゲノム時代に高まる バイオ自然言語処理への期待: バイオ自然言語処理最新事情という特集が掲載されている。ずいぶん昔に 生命のプログラミング言語 という雑文を書いたことがあるが、今度は論文を自動的に分類して遺伝子の機能を逆に類推しよう、ということの様だ。いわゆるテキストマイニングと言われるような分野である。こんなんでなんか出るのかと思ってしまうが、どうなんでしょうね。

Science 論文： タンパク質の動的ネットワーク

Science 2/4号に タンパク質の動的ネットワークの形成という論文が掲載されている。タンパク質は単独では作用せず、複合体を形成して機能することが多いが、この複合体の形成を遺伝子の発現データと統合して、ネットワークの時間変化を細胞周期の上にマッピン