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2005/11/29

googleランキング

いつも思うのだが、googleの検索結果表示の順序の決め方は非常に奇妙だ。例えば、「大野克嗣」と入れて検索すると、上位5つのうち3つは僕関連。実態を全然、反映してない。理解不能。

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2005/11/28

google base

Natureの記事によればgoogle baseというものが出来て、自由にファイルをアップロードできるのだという。サイトには行ってみたが、まだ使い方が不明。

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みすず(続報)

みずすから、一昨年の読書アンケート特集の号が送られてくる。多数の方が書かれているので101ページという厚さ。ちょっと見てみないと。

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合原研セミナー終了

合原研でのセミナーが無事(?)終了(内容はここ)。それなりに質疑応答があったので、まあまあか。セミナー後、呼んでくれた末谷さんや島田さんと30分ほど雑談して戻ってきた。島田さんはなかなか面白いことを考えついたみたいで、それだけで論文書けそうなアイディアだった。末谷さんとは彼の研究についてちょっと議論。セミナー前の講演者の紹介が「数学セミナーで面白い連載をしていた方」というのには意表を突かれた。大野さんとの共同研究だということを合原さんは認識してなかったみたいで意外。

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就職walker tech

就職walkerが理工系向けの就職雑誌「就職walker tech」という雑誌を発行したようで、見本誌を送りつけてきて「3年生に連絡しろ」というから、さっそくメイルで連絡する(まだ、1名、卒研生からの返事がなくてその人には連絡できなかった)。卒研も始まらず、まだ、顔合わせもしてないうちに就職情報のとりつぎをやらされるというのも結構、複雑な気分である。

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MBSJ要旨集

MBSJ要旨集が送られてくる。危惧していたほど厚くはないが、プログラムと両方だと1200ページくらいになりそう。持ち歩くのは大変そうだ。ちなみに僕の発表は2P-0032という番号がついている。英語のアブストラクトは思ったより少ない。

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第11回 交通流のシミュレーション

第11回 交通流のシミュレーション」の案内が流れてくる。今回はわりとこじんまりまとまった感じ。数年前に一回、行ったことがあるだけだが、僕は。

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物理学会[補足]

共同研究員の方と連名で出す物理学会での講演は

  • 非計量多次元尺度構成法による顔検出アルゴリズム

にした。かなり見切り発車気味なのでやばいかもしれないが。

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2005/11/27

告別式

長男の同級生のご尊父の告別式に参加する。弱冠45才。朝、元気に出かけられて昼には還らぬ方になられてしまったようだ。喪主の挨拶なんかを伺うと本当に奇特な方だったようだ(僕なんかと違って)。人間、いつ何があるか解らない。ご冥福をお祈りします。

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2005/11/26

SIG-BIO予稿投稿

SIG-BIOの予稿仕上げる。いつものことながらハードだった。

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物理学科公募推薦入学試験

今日は物理学科公募推薦入学試験の面接試験。自由研究をして発表をする、という試験である。毎年、個性的な人が数名入っていて楽しい。今年は楽しめるかな?
付記:今年は結構、レベルが高かったような気がする。おもしろい研究発表も一杯あった。入学してからも頑張ってくれるといいな。

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2005/11/25

卒研配属事後談

卒研配属、さすがに志望者が「本当にゼロ」はまずかったみたいで、複数の教員から「アドバイス」を受けてしまった。結局、これが悪いってことなんだろうけど、厳しすぎて...。
付記11/26:内外からいろいろご批判、ご鞭撻をいただきました。ありがとうございました。なかなか難しいですね。いろいろ人気が低迷する原因は考え得るせよ、ここまで人気が無くなる決定的な理由は何もなさそうな気もしますから。「多体効果」なんでしょうね、結局(誰にも選ばれないとゼロになる)。

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みすず

みすずに読書アンケート特集への寄稿を依頼される。800字。昨年のものをみると執筆者はそうそうたるメンバーである。僕何かが寄稿したら反発が怖いな。

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Cytoscope

Cytoscopeというものがあることを知る。 Protein InteractionとMicroarreyの統合ツール、かな?

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2005/11/24

経済物理学

経済物理学研究会があることを知る。

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卒研配属決定

卒研配属決定。田口研にも○名の学生が割り当てられた。希望者がいなければ卒研を持たなくていいというほど甘くはない。

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2005/11/23

SIG-BIO予稿

SIG-BIOの予稿原稿を執筆中。きびしい意見がついてばしばし切られて大変。相変わらず、英語がひどいとの指摘も受ける。

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2005/11/22

セミナータイトル

合原研のセミナーの内部広報メイルが転送されて来たのでここにはりつけておこう。

日時:11月28日(月)13:00ー15:00
場所:東大生研An棟3F大会議室
講師:中央大学理工学部物理学科 田口善弘先生
タイトル:非計量多次元尺度構成法とその応用
アブスト:非計量多次元尺度構成法は、40年ほど前に心理学などの人文科学の統計解析手法として発展したが、大規模(数千個)のデータを扱うには効率的な問題があった。最近、我々は同手法の効率的なアルゴリズムを開発し、いろいろな問題に応用して来た。
講演では非計量多次元尺度法の有効性と、我々のアルゴリズムによる効率化、そして例としてマイクロアレイデータへの応用について解説する。

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大学の物理教育

大学の物理教育が送られてきた。この編集委員も長いなあ。中大に移動してすぐ始めたから、もういい加減、8年以上経っている。いつになったらやめられるのだろう?

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物理学会

行かないつもりだった物理学会は、結局行くことに。共同研究員の方がはりきって研究して発表したいと言ってるのでいっしょに行くのだが、行くからには発表しないともったいない、ということになってしまった。

  • 分裂酵母の正弦回帰を用いない細胞周期遺伝子の検出
  • 講義アンケートの解析IX

の2題目を申し込んだ。共同研究員の方との共同研究の共著者になる予定がもう一件。

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志望学生ゼロ

卒研配属志望は締め切られたが、やはり田口研を志望する学生はゼロだった。78名も学生がいて誰も志望しないというのもすごい。

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2005/11/21

量子解析におけるミクロ・マクロ双対性

量子解析におけるミクロ・マクロ双対性という研究会をやっているそうだ。おもしろそうだが、僕が今やっている研究とは無縁だな。

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大学生の学力低下 教員の6割問題視

大学生の学力低下 教員の6割問題視という記事がしばらく前に掲載された。「理」が一番低下を実感している(8割くらいかな)。むべなるかな。

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多変量解析実例ハンドブック

多変量解析実例ハンドブックという本を図書館でみつけた。講義のネタなどに使えそうなのでリンクしておこう。

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卒研配属についての注意

11/21 9:00現在、田口研の志望者はゼロ。明日の正午が締切だというのに(勿論、そんな研究室は田口研だけ)。あわてて、 こんな掲示を張り出す。昨年は、いざ、卒研を始めてみたらどんどんやめてしまい、8人いたのが1名になってしまった。今年は、そんな事態を許すわけにはいかない。

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2005/11/20

Ten Simple Rules for Getting Published

Ten Simple Rules for Getting Publishedという記事が PLoS Computational Biologyに掲載されている。「論文を通すための十箇条」とでもいったところか。正直言って僕はほとんどどれも守っていない。よく生き残ったもんだなあ。

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2005/11/19

ICSB2006

ICSB2006(探すのに苦労したのでちょっとリンクしておく)。Call for Paper / Poster もブランクだ。

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はてなリング

bioinformatics-jp-mlで紹介されていたはてなりんぐのBioinformaticsに参加。見たところ、僕が最年長のよう(わかんないけどね)。まあ、ブログなんてやるのは普通「若い人」だよな。こんな「おじさん」は普通やらない(でもないか)。

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2005/11/18

IBISコメント

IBISからこのブログが「コメント」としてリンクされているのに気づく(トラックバックしてくれたので).他のコメントにくらべてあきらかにちゃちいので恥ずかしい。こんなコメントをリンクして、役にたっているのだろうか?他の人の感想は自分と全然ちがっていた。

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卒研配属

あいかわらず、田口研を志望する学生はなし。火曜の正午が締切だが...。

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苦情

BLOGの内容に苦情を受けた。個人名を出してしまって、不快感を与えてしまったようだ。どうして苦情がきたのかと思ったら、その個人名をgoogleで検索するとこのブログが1ページ目にヒットする。なぜか、このブログはgoogleで意味もなく上位にヒットするので、内容には気をつけていたつもりだったが、あとから良く読んだら不快に感じても仕方なかった。ブログは訂正したが、googleのキャッシュには残ってしまったので削除依頼をだした。すみませんでした。

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BIOPAX

本日はBIOPAXに参加した。午前中は、「ここのリンクをクリックするとこうなる」みたいな発表ばかりで往生したが、午後はいろいろ面白い発表もあった。Petri Netを使った話は面白かった。ネットワークを描いてボタンを押すと代謝系を計算してくれる。実験にもあうようだ。同時通訳があったが、横文字をそもまま片仮名に訳したりするのでよく解らない。内容を理解しながら訳すのは難しいだろうから、同時通訳も大変だとは思う。印刷物を何もくれなかった。無料だからしかたないか。

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2005/11/17

学研刊行

学研の原稿が発行され、雑誌が送られてきた。子供に見せてやったらちょっとは感動するかと思ったらそうでもなかった。彼らにとってはテレビに出る方がよほどすごいことなんだろうなあ。

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卒研配属志望状況

卒研配属志望も終盤にさしかかってきた。13研究室、志望者ゼロは田口研だけ。毎度のことながらご丁寧なことだ。ここまで徹底していると笑ってしまう。

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2005/11/16

合原研でセミナー

末谷さんが呼んでくれたので11/28に合原研でセミナーをすることになった。タイトルは「非計量多次元尺度構成法とその応用」などという「地味な」タイトルで行こうかと思う。粉体をやってて有名だったころはともかく、もう何年もセミナーに呼ばれたことなんてないからちょっと緊張する。「宣伝」だと思っていろいろ準備し始めると説得力ある「実例」とか作らないといけないのだが、やってみるとなかなか思い通りに行かない。

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2005/11/15

MDS in R

MDSのストレスについてgoogleで検索していたら、こんなものがヒット。ぼーっと眺めていたら「田口らが提案した多次元尺度構成法のRプログラム(NMDS)も公開されている」という一文が。同じ名前の人か..、って自分だった。これは「ESTRELA」 という雑誌の連載らしい。しかし文献中の引用が「R用のプログラムは現時点では次のサイトから入手可能。tag's diary...」って、普通、ブログを引用するかなあ。R用のNMDSが欲しくてこのブログに来ても探せないだろう。なんとかせねば。 (追記:ページの左隅のリンクに追加してみました。解るかな?)

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2005/11/14

ACS

ACSからお誘いレターが来る。学会の勧誘だから、別に驚くことも無いが、なぜ、僕に来るのか不明。化学なんてやってないぞ。いろいろ調べるとACS CHEMICAL BIOLOGYという雑誌を創刊するようだ。邪推するとBioinformaticsをやっていそうな人に片っ端から、Invitationを出しているのかもしれない。Invitationなんて言うと格好いいけど、希望すれば誰でもなれるんだから(多分),要するに会員になって金払ってくれってことなんだろう。 $127も取るのは高いと思うけど、入ってみる意味あるかな?

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議論2

共同研究者とのやりとりメイルを作るのに6時間以上も費やす。簡単に済むと思ったが、なかなかうまく行かないものだ。たいしたことを書いているわけじゃないのに時間かかりすぎ。

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2005/11/13

議論

研究について激しく議論を交わすが、合意に達することができなくて悩む。こちらの言っていることは完全にナンセンスと思われているようで議論が平行線。英語の電子メイルでしか議論できず、時差があって1日1往復になってしまうのがつらい。

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2005/11/11

IBIS(3日目)

IBISの3日目は、朝の時間のやりくりに失敗して、一番聞きたかった講演を逃す。さすがにレポートの採点が溜まりすぎなので午後はパスして大学に戻る。それにしても「ベイズ法」ということばが「分布」を推計する場合だけに使われつつあり、最尤推定をするとベイズを使っていても「ベイズ法」とは呼ばない、というのが一般的になりつつある、というのを発見して驚く。混乱は無いのだろうか?もともとそうだったのに僕が知らなかっただけか?

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2005/11/10

Who's Who in Science and Engineering

Who's Who in Science and Engineeringから"you are being considered for inclusion"という手紙が来る。こういうのはやたらと来るがいかがわしいのでみな捨てていたが、googleで検索するとどうもこれに掲載されたことを「学術受賞」の欄に堂々と書いている日本人がいっぱいいる。例えば

[ここに書いてあったことで関係者の皆様にご不快をおかけしました。大変失礼いたしました]

なんて書いてある。これは本当に偉いことなんだろうか?しかし、なんで僕なんかにこんなのが来るんだろうか?僕はなにも「偉いこと」してませんが。ひょっとして、日本人の理工系の大学教員に片っ端からだしてるのかな?大体、"being considered for inclusion"なだけだし。よく解らない。どういう基準で候補者を選択しているのだろうか?まあ、金がかかるわけでもなさそうだから、とりあえず、返事しておくか。

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MBSJ

MBSJの「プログラム」が送られてくるがなんと400ページ弱の厚さ。もちろん、講演題目と講演者(+共著者)の氏名が書いてあるだけ。それでこの厚さはすごい。11/25に発行されるという「講演要旨集」はどんな厚さになるんだろうか?ちょっと怖い。大体、持っていけるような重量で済むのだろうか?驚きだ。

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IBIS(2日目)

IBIS2005の2日目。午前は講義だったので午後から参加。坂野氏、末谷さんなどに会う。すっかり大物になってしまった田中和之氏にも会うが、どうも向こうは僕を認識していたようで挨拶される。内容は、今日はますます物理という感じである。対象が情報系だというだけでやってることは統計物理学。こんなに物理が使われてるのに「物理は役に立たない」と思われてるのは実に悲しい。ポスターは結構、こんでいたので草々に退散した。しかし、こうやって「遊び歩いている」とブログに書くことに事欠かないし、楽しいが、今週の講義レポートの採点は全く放置されている。明日も1日IBISに行くという無謀なスケジュールを立てている。「教育」がおろそかになりそうだ。

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2005/11/09

SIG-BIO 原稿依頼

SIG-BIOから予稿の原稿執筆依頼があった。当日のプログラムはこれ。結局、講演数は14個になったようだ。11/28までに原稿必着。紙しか受け付けないという。きっとデジタルを受け付けると文字化けとかで大変だからだろう。既に本論文投稿用のdraftはあるから、予稿を書く、と言ってもそれを抜粋するだけだ。でも、早めに終わらせるように努力しよう。

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IBIS2005

午前中はIBIS2005に参加(午後は卒研説明会参加のため大学に戻ったので欠席)。やっていることは面白いのだけど、言葉の言い換えだけの様な気がしないでもない。「カーネル」って結局、nMDSでいうところの「類似度」だし、確率モデルはボルツマン因子を使っている。計算機が速くなったのでいろいろできるようになりました、という感じ。統計力学はまさに「軒を貸して母屋をとられた」感がある。これって、昔、Spin Glass Theory and Beyondでやられていたようなことの延長線上にあるんだよな、きっと。

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2005/11/08

講義アンケート

めったに無いほどいいことばっかり書いてある講義アンケートだったので記念に、ここにはっておこう(勿論、普段は苦情ばっかりで、落ち込むことが多いです。念のため)。

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生物にみられるパターンとその起源

松下さんがこんな本を書いているを発見。彼も手広いなあと感心する。NIBBの主催者の望月さんが共著者にしっかり入っている。彼もすっかり有名人だな。

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Research Seminar

自分の論文がこんなところで使われているのを発見する(10/25の回)。毎週、各自が2編ずつ論文紹介をしているようだが、これはなんなんだろうか?日本の卒研ゼミ、みたいなもんか?Instructorは若そうな見た目の女性の Assistant Professor だ。日本で言うとむしろ、「演習」なのかな?それにしてもこれはどうも「学部」の授業らしい。学部の授業で僕らの論文を読んでるなんてうちの大学じゃなかなかありえないレベルの高さだ。そんなに有名そうな大学でもないけど...。

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Nature 論文:利他行動

ちゃんと読んでから書こう、とか思うと結局書けないので、いま書いておく。Nature 10/27号には利他行動についての最近のレビューが掲載されている。利他行動は、ハミルトンらによって血縁がある場合には意味があることが解明され、次に、何度も繰り返すことで赤の他人とでも、意味があることが示された。残された問題は「なぜ、人間は、二度と会わないだろう他人にも親切にするか?(例えば、道を聞かれれば教えてあげるし、親切な人ならそこまで連れていってあげるだろう)」という問題である。これはindirect reciprocityと言って、(間接的な互恵とでも訳すのかな?)不特定多数に親切にすることで、自分が初対面の人に親切にしてもらえることが保証される、という仕組みで維持されているらしいことが解ってきた(らしい)。同じ号にはチンパンジーは自分が損しない状況でも他人には親切にしないという報告も載っており、興味深い。人間にもっとも近いはずのチンパンジーがこれほど人間と対照的だとは。これこそが、実は、我々とチンパンジーの差なのかもしれない。

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2005/11/07

microarray

Budding yeastのCell Cycle のmicroarrayの実験は有名なSpellmanの物が最後らしいことを知って驚く。あれは1998年だし、時間も短い。もっとましなデータを誰かが取り直さないといけないのじゃないか。金がかかるのに論文にならなそうだから、誰もやらないのか。こんなことでいいのかな?

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2005/11/06

Nature論文:水を登る小昆虫

Nature 9/29号には「水を登る小昆虫」の話題が掲載されている。Supplementary informationにあるムービーを見てもらったほうが早いが、コップの水面をよくみると、縁の水面がちょっと盛り上がっているのが解る。ここは小さな虫にとっては「水の坂道」のようなもので登りようがない。しかし、表面張力をうまく使って、「泳がずに登る」方法を進化で獲得したよ、という様なネタである。面白いですね。

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Nature 論文:自己複製ロボット

レムの「砂漠の惑星」には小パーツからなり自由自在に離合集散を繰り返すロボット生命体が登場するが、Nature 9/29号にはその原型とも言うべき自己複製ロボットの実験が報告されている。ムービーではランダムなパーチ配置から自己複製する様子を見ることもできる(緑のラインが「ロボット」だが、これはあとからデジタルで着色したのであり、最初から色がついていたのではない)。一本のロボットが4本に自己増殖する様子を見ることが可能だ。

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Nature論文:流砂

Naure 9/29号に流砂の話題が扱われている。紹介しようと思ったがすでにここにいい解説があるようなのでリンクを張っておしまい。

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Nature論文:砂丘の成り立ち

かなり前のNatureにおもしろい論文がいっぱい掲載されていて、紹介しようしようと思っているうちに時間がすぎてまった。まずは9/29号に掲載されていた「砂丘の成り立ち」。砂丘にはバルハン砂丘という三日月形の砂丘があり、その形成過程はよくわかっていない。この記事では三日月形は安定な形ではなく、端からばらばら崩壊して「子供」のバルハン砂丘を作りあがら、全体として(大きいのも小さいのもこみで)集団である「定常状態」になっているんじゃないの?というようなことが観測結果から解った、という論文。きれいな写真なんかも掲載されていて楽しいのだが、購読してないと見られないのが残念。誰でも見られるSupplementary Informationにはカラー写真も入っているのでバルハンの写真をみたい、というひとは見てみるといいだろう(バルハン砂丘についてはここでも触れた)。

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2005/11/05

卒研説明会資料

卒研説明会で配布する田口研の説明。今年も不人気だろうか?既に底を打っているので例年以上に不人気にはなりようも無いが。(資料)

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2005/11/04

研究室公開

宗行研: レーザーピンセットで集まるビーズ玉の運動の顕微鏡写真(本当は動いている)。

1211 1314

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セミナー依頼

ある方からセミナーの機会を作ってくれるという連絡。ありがたいことだ。ってメイルが来ただけでこんなとこに書いていいのかな?ちゃんと決まったらここに書きます。

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2005/11/03

研究室公開

今年は世界物理年、ということで、物理学科の多くの研究室が学祭で研究室公開に踏み切った。

佐藤研究室: 結晶をならべて展示し、超伝導の浮遊実験をデモ。

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理論系:理論系6研究室(石井、稲見、香取、杉本、田口、中野)のポスター。

7 8

松下研:ポスター

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坪井研:ポスター

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2,30人の出足はあったよう。特に物理学科3年生が多かったらしい。田口研と松下研しか公開していなかった年は田口研はゼロのことも多かったが、さすが、これだけ公開すると集客力が違う。公開は11/6まで。佐藤研は本日のみ明日まで。明日は宗行研。

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2005/11/02

Open Access Journal

ここで紹介した研究がまとまったようだ。詳しい解説はここにあるようだが要するにOpen Access Journalがこれからは主流になるよ、ということなんだろう。でも、そうなると、お金の無い人は投稿もできなくなるかも。

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MBSJポスター

MBSJのポスターは1240個(枚)もあり、ヤフードームを借り切ってやるのだそうだ。会場配置図はこんな感じ。物理学会とは規模の桁が違う。普通ならこんなんじゃ誰も来てくれそうもないと悲観するところだが、さすがに野球場でポスター発表するのは僕は初めてなのでちょっと楽しみではある。まあ、次回からは嫌になるんだろうな。僕は「0032番」とのことで、場所的にはポスター受付のそばで、通路際だからまあ悪くないんだろうな。よくわからんけど。

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査読その後

この論文はほとんど改訂されていないことが判明。この著者らがnMDSが何かを理解しているとは思えない。Editorにrejectを勧めることになるだろう。気の毒だが。

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2005/11/01

砂論文刊行

ここで触れた砂の論文やっと公開されたようだ。Springerは丁寧で、いちいち「お前の論文は刊行されたよ」とメイルをくれるようだ。公開された、と言ってもうちの大学はこの雑誌を購読していないから、読むことは出来ない。ここでプレプリを読んでもらうしかない。刊行されるまで実に長くかかった。ほぼ、1年半だ。この論文はおそらく、砂論文としても、学生と書く論文としても僕の生涯最後の論文になる、という意味では感慨深い。

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本の執筆

この件だが(Book on Bioinformaticsじゃ無い方)、冒頭部分(全体の1/10以下)を書いて送ったところ、この方針でOKという評価を頂いてしまった。本当にこれでいいのかどうか非常に自信がないが執筆依頼した当人がいいと言ってるのだからいいのだろう。あとはひたすら書きまくるのみ。

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