Barcode of Life:蝶
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Bioinfromaticsからまた査読依頼が。こんどはかなり専門に近いとはいうものの、同誌には一本しか論文書いてない人間にこんなにどんどん査読を依頼して大丈夫なんだろうか?ちょっと安易すぎないだろうか?
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講義から戻ってくると扉にメモが貼り付けてあり、「田口研院生室から水漏れ」とのこと。理論の研究室から水漏れ、というのは変な話だが見に行ってみると冷蔵庫が「霜取り」になっていて融けた氷から出た水が廊下まで溢れている。当然、院生は誰も来ていないから自分で掃除する羽目になった。霜取りはちょっとボタンを押すだけなので誤って押してしまい、そのまま気づかずに帰宅したのだろう。困ったものだ。
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CIBERという組織から学術文献出版のあり方についてのアンケートが送られてきた。こういうのはみんなのところに送られているのだろうか?We are writing to you as someone who has recently published a peer-reviewed articleだそうだから、英語で論文書いている人にはみなこういうアンケートが来る可能性があるのだろう。主旨としては、要するにアクセスフリーのオンラインジャーナルに移行すべきかどうか、ということらしい。現在のアンケートの集計はここ(実はここには僕のIDが明記されていて、 僕がどう答えたかも丸見えなんだが、これ以外にはアクセス方法がなさそうなんで)。しかし、 I publish more than I ought toという質問に Strongly disagreeと答えた人がダントツで多いというのは笑える。おまえもそう答えてるだろうって?まあ、僕は最近、ろくに論文書いてないから、こう答えても許されるんじゃないかな?だめでしょうか?
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この論文をエディタの意見に従って改訂して送り返したら、また、丁寧なコメントをもらった。勿論、なおさなくても掲載は決定だが、なおした方がいいんじゃないの?という類のコメントである。NatureのN&Vに記事を書くくらいの大物になったんだからさぞかし忙しいと思うのに、よくこんなある意味「どうでもいい」論文に時間をかけてくれるものだ。本当に偉いやつだ。
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Nature 6/9号に、一般制限問題の解の存否が、相転移として扱えて、相転移点が厳密に評価できるという論文が掲載されていた(N&V, 論文本体)。要するに0か1をとる変数がk個あるとして、それらの間の制限(つまり、関係式)がいくつになったら「解がなくなるか」という問題。答えは大体2kln 2くらいだそうである。つまり、とてつもなくたくさん制限条件が無い限り、解はある、ということらしい。普通はもっと条件が厳しいような気もする。
この様なことは本当はnMDSでも考えるべきなんだろう。N個の点をD次元の空間に埋め込むとき、あらかじめ与えられた距離の大小関係に従うように点を埋め込め、という問題である。この場合、N個の点の間の距離はN(N-1)/2個ある。これをある順番で並べるのだから大きさが隣り合った距離同士の大小関係でいいのだから、制限条件はN(N-1)/2しかない。一方、D次元の空間にN個の点なら、変数はND個ある。制限の数はほんのちょっとしかないが、一般にはほとんどの場合「解がない」のがnMDSである。変数の指数関数個制限が無い限り答えがあるというこの論文で扱っている問題に比べると随分と条件が悪い。nMDSはそれだけ難しい問題、ということか?まあ、当該論文を僕が理解してないだけかもしれない。
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今日は物理学会誌の編集委員会であった。長かった任期も8月で終わりなのでちょっとほっとしている。最初はいろいろ大変なこともあったけど、おかげさまで「物理教育担当」の編集委員がいることに違和感を感じないでいただけるところまで来たと思う。僕の後任の方はもっと「まじめに」物理教育に携わっている方にしたいと思っています。よろしくお願いします。
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太陽系には3つの特異な性質があるそうである。これが、土星と木星の周期が同期していたという単純な事実で説明可能という3つの論文が掲載されたようだ(N&V,Latters 1 2 3)。これは非常に面白そうだと思う。まあ、自分で研究している時間はもはやなさそうではあるが。
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教育実習生の研究授業を現場で見る。例年は、どう教えるかとか、うまくできているかとかに興味が向くのだが、今年はなぜか「内容」が気になってしまった。中2の理科の授業で「電流計に電池と電球をつないで電流計で電流を測定」ということを教えてやらせるだけなのだがこれが50分でも終わらないのだ。中2の理科の授業である。学習指導要領に沿っていると頭では解っていても実際に目にすると衝撃は隠せなかった。おそらく僕と同世代の人々ならこの授業を見て「これって小学校で習ったよな」と思うのではなかろうか。分野的には第一分野ということになるが、「高校で物理をやらなかった学生」はこのレベルの授業の後、3年間ブランクを空けてから大学の「物理」の講義をいきなり履修するのだろう。彼らが大学1年生になる5年後がちょっと空恐ろしい。もっとも、中一から新課程、という大学生は2008年から入学してくる。実際には5年後ではないのだが。授業後、感想を尋ねられたときも呆然としていてろくな反応ができなかった。
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昨日、部屋に物理学科の3年生がやってきた。「どんな研究をしているのか教えてくれ」という。卒研配属の研究室訪問の期間にさえほとんど学生が来ないのがうちの研究室なのになんてまじめなんだ、と驚いた。いろいろな研究室を回っているようだ。一応、自分の研究(ここに書いてあるようなこと)を説明したところ、研究室のホームページに貼り付けてある修論の内容についての質問までされて二度びっくり。そのあと、ここには書けないような進路や卒業研究室選択の裏話をひとしきりしたあと別れた。見るからにまじめそうな感じの学生だったが、まだ、こんな学生がここにもいたかとちょっと感動してしまった。
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Barcode of life関係の論文をいくつか読んだ。まずはこれとこれ。動物をバーコードして、分類しようという話。非常におもしろい。あと、これは植物(被子植物)をバーコードして分類する話。こっちはまだまだ「バーコード領域」の探索段階。今後に期待しよう。
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前任校の知り合いからこの本の発売予告が。高校生にスパコンを使わせて競わせよう、というコンテストが10年続いたのを記念して、本を出したらしい。僕は最初の2,3年に関わっただけだが、10年も続いたのはすごいと思う。
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かつての共同研究者(この論文の共著者の横山さん)が別の共同研究者(秦野さん)と共に来訪。今度は微生物の塩基配列から系統推定する話をnMDSでやるという研究を開始することに。うまくいくだろうか?あたってくだけろ、か。
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日経サイエンスに書いた書評の反響として「神秘の法」と「ザ・リバティ」の5月号を送ってくれた人がいました。残念ながら、この様な立場にはあまり共感できませんので、お返事も書きません。本を送ってくれた人がこのブログを読んでいるとは思えませんが、とりあえず、あしからず。
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Intelligent design について続報。とうとうアサヒコムにまで記事が出た(このリンクはすぐに切れてしまうだろうが)。いよいよ本格的にまずい状況かもしれない。ここに日本語で読める簡単な説明がある。
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昔、おつきあいのあった森山さんから「サイエンス メール」刊行のお知らせ。
僕も出たことがあるNetScience Interview Mailの続編である。後者はスポンサーがついていて無料配信だったのをが停止になり、前者(有料)に移行した。有料と言っても月4回で315円とかだからかなり無料に近い値段ではある。NetScience Interview Mailにはこのブログを読むような人には興味深いだろう研究者がいっぱい登場していた。有名どころでは金子邦彦、井田茂、丸山茂徳、牧野淳一郎、深井朋樹、などなど。きっとこれからもこういう人達が取材されていくのだろう。誰も購読しないとつぶれてしまうから、購読者が増えることを祈ろう。
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大学等研究者データベースというものがあり、お前を登録したぞ、というメイルが来る。確かに僕は登録されていた。しかし、僕の分野の同年輩の有名な研究者を何名か検索してみたが、まったくヒットしない人も多い。理論的なことをやっているからはずされているのか、と思うと、この上なく理論ぽい人も登録されていたりして謎は深まる。一体、どういう基準で人が選択されたのだろうか?なぞだ。
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C. elegans のRNAiの実験がまた掲載されている。すっかり遅れをとってしまった。これまた全然、勉強が足りない。本当、サボりすぎだなあ。
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イギリスにおけるウシの結核の流行を解析・予測するという記事が掲載されている(N&Vに解説あり:日本語)。「ウシの移動」が流行に大きな要因となっているということを統計的に示した仕事らしい。面白いとは思うが、よく聞くのでいつか勉強しないといけないと思っているmultiple logistic regressionが解らないのでよく解らない。不勉強すぎるなあ。もっと勉強しないと。
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人間を進化の階梯の頂上に置くのはどうかと思う、というエッセイがNatureに掲載されているが、何をいまさら、という気がしないでもない。どういうつもりでこんなエッセイを今頃掲載するのだろうか。意図は不明ではある。
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学会誌の編集委員会でほぼ毎月顔を合わせている多辺さんが実は4月から早稲田に移動になっていたことを、編集委員会からのメイルで知って驚く。何にも言わないんだもんな。言い様も無いか。そういえば去年、生物関係の公募が流れていた。木下さんも早稲田に移動したし、早稲田の物理、応物はソフトマター、生物物理、パターン形成みたいな分野の牙城になりつつある。これが主流、ということなんでしょうね。
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5/28,29の週末は自宅PCの環境整備。妻が仕事用PCを購入した関係で僕が持ち歩いているPCをいれると一家で一人1台体制になった。一番古い、次男(6才)用(となっているが、実際は僕が一番使っていて、様々な増設がされていて家庭内のメインマシンとなっているPC)がWindows ME(なぜ、かというと、子供たちのお気に入りのソフトであるズンビーニがなぜかXP環境で動かず、OSのバージョンアップが図れなかった。これが今回XPでもうごくバージョンが新発売ということでMEからの脱却が可能になった)だったのをこのついでにXPにバージョンアップしたのだ。しかし、これがとんでもないわなだったのだ。
1. 起動しないXP
MEの所有者はXPにバージョンアップできる廉価なバージョンを購入できる(実はこれにも疑問を感じた。MEがインストールされたPCでバージョンアップしようとすると。「windows 2000がないからバージョンアップできない。もってるならMEのインストールディスクを入れろ」とか言われるのだ。これじゃあ、MEのCDを持っていれば無限回バージョンアップできるのでは?それともMEのCDを突っ込んだときに、シリアル番号を読み取っておき、XPインストール後の認証で、すでにバージョンアップに使われたMEからのバージョンアップは「はねる」仕組みにでもなっているのだろうか?)。これでバージョンアップしたら、なんと全然起動しない。悪戦苦闘の末、実につまらない原因であることが分かったのだ。僕の場合、 IDEのHDを2台、マスターとスレーブとしてPCに接続してあった。諸般の理由により、MEはスレーブ接続のHDにインストールされており、マスター側はデータ用のHDであった。BIOSで設定を変更し、スレーブ接続のHDからの起動にしてあった。が、XPのバージョンアップCDはなぜかブートローダーをマスター接続のHDにインストールするのだ。これでは起動しない。結局、BIOS設定のを直してマスター接続のHD(XPはインストールされてない)から起動することで事なきを得た。
なんで、こんな変なバージョンアップをするのだろうか?こんな変なことされたら普通は気づかない。理由はいろいろ考えられる。
いずれにせよ、この問題のため5/28は徹夜となった。僕はLinux使いなのでWindowsはあまり詳しくないのだ。Windowsおそるべし。
2.ウィルス感染
XPへのバージョンアップ成功後、シマンテックのアンティウィルスを起動するとW32.Netsky@mm というウィルスが”A1217637.CPY < D:\_RESTORE\ARCHIVE\FS925.CAB”というファイルに感染していることが判明。あわてて 駆除ツールを使って駆除する羽目に。定期的にアンティウィルスでチェック(全システムをスキャン)していたし、このPCがアンティウィルスで守られていなかったのはバージョンアップ中のごく短い時間。勿論、家庭内の全PCはインターネットとはファイアウォール(具体的にはルーター)で遮断されている。アンティウィルスインストール前にやったことと言えば、テストでインターネットに接続することと、テストで妻のIDでメールを受信したくらいか?たったこれだけで感染したのか?幸い、上記ファイルはアーカイブであり、ウィルスの活動は無かったようで、他のPCには感染していなかった。ウィルスおそるべし
というわけで散々な週末だった。
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