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2005/03/31

Science 論文: 細胞の動的ネットワーク

Science 3/11号に細胞の動的ネットワークという論文が掲載されている。ネットワークが書いてあったり、データがあったりでnMDSでやるにはいいかなと思うが、ちょっとちゃんと読む時間がなかった。

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Nature 論文:眼球運動

Nature 3/17 号に眼球運動で視覚認知を議論する論文が掲載されている。ごちゃごちゃした背景にマークが埋め込まれている場合に、どこにマークがあるか探すわけだが、はっきり見える網膜上の部位は限られているから、どう目を動かすと最適か、ということが問題になる。この論文ではベイズ統計で議論しているが、理想的なベイズ統計は使っていないものの、似たようなことにはなっている。認知にベイズ統計という論文はよくあると思うが、実際に統計を使う機能が進化するというのはなかなか面白いと思う。

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2005/03/30

新入生を迎える準備

午前中は、4/1にある新入生学習指導のために、109人分の配布物(一人当たり20種類くらいある)を会場で机ごとに仕分けする作業をする。こんなことも教育の一環かと思うと情けなくなる(1時間もかかった)。それにしても、本来の定員は70名だということを考えるといくらなんでも109名は多すぎるのではないだろうか。私大はこういうことがあるから怖い。入ってきてからが大変だ。
午後は一人しかいない卒研生とセミナー。一対一なので家庭教師状態だが、なかなかまじめに読んできているようで好感がもてる。その後は進まないレフェリーレポートを書く。生物系の論文のレフェリーレポートなど初めてなので勝手が解らないので筆が進まない(昨日は家庭の用事で大学にこれませんでした)。

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2005/03/28

学会講演(26日)

26日は研究の方の講演をするために学会へ。僕が講演した生物物理セッションは午後に設定されており、前半が僕が座長をするセッション(つまり、僕は講演しない)で後半が僕が講演するセッションである。僕が座長をしているセッションは大盛況で立ち見もでる始末。「生物なんかやらない」と言っていたはずの人々も含めて物性基礎論・統計力学分科の常連の人たちがたくさん来ていた。このセッションの主題はタンパク質のおりたたみで、ほとんどは早稲田大学の高野研のセッションと化していたが、間に統計の人の講演がサンドイッチになっているという絶妙のセッションであった。
初めて高野さんと会って名刺を交換し、今度集中講義に来ていただく予定の学習院の西坂さんとも初めてあって挨拶できたので有意義だった。それにしてもこういう突然の盛況ぶりをみると、昔の高分子セッションを思い出す。僕がフラクタル格子上の高分子とかの研究をしていた頃には、閑古鳥が鳴いていたのに、その後あれよあれよと言う間に統計の人々が活発に研究をはじめて、いまやソフトマターという一大分野に発展した。この生物物理セッションもそうなって行くような予感を感じた。
午後後半のセッションは、うって変わって人が少なく、閑散としたセッションであった。僕が講演しているときは既に聴衆がずいぶんと減っていたのであった。ずいぶん前から生物物理セッションで講演してきた僕としては複雑な気分。僕とは関係ないところで「生物物理」は流行っていくのだろうな、という気もする。パイオニアになるのは難しい。
その後は物理教育のインフォーマルミィーティングに参加。こっちはこっちで問題山積みである。あまり詳しいことは書けない。そのあと物理教育のみんなで飲みに行って解散。自分が非力なのが実に悲しい。

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2005/03/25

PC不調

昨日は卒業式に出たために参加できなかった(学部卒業生の飲み会にも付き合った。なんと3次会まで。だって、「研究室を構えている教員」の参加者が僕だけで帰るきっかけを失いました。誰も卒研に来ない教員なのにこういうときだけ貧乏籤を引くという要領の悪さ。カンパも5人分くらいしました)物理学会に参加の予定が、朝起きるとノートPCが立ち上がらず.どうせ大学でプリンターを廃棄しなくてはいけないので大学に行き、軽く直そうと思ってもぜんぜん、直らない.KNOPPIXでも起動しない.壊れた先代ノートPCを捨てずにとっておいたがさらに故障が進んでいて使えず。慌ててたまたま学会に行っていなかった教員の部屋に飛び込んでOHPをプリント(このとき、共著者が大野さんになっているのをみて、くだんの教員は「イリノイの大野さんって高分子をやっていた人ですね?かなりの業績を上げた人でしょう?」などといい始める。さすが大野さんは著名人だ)、この日記にリンクした発表のPDFを(こういうときに日記は便利だ)USBメモリーに突っ込んで、会場へ.行ってみると僕の前が同じ大学の教員だったのでUSBメモリーをつっこんでそのまま講演。本当なら、いろいろ議論すべきだったが、ノートPCが立ち上がらないのでは困るので早々に大学へ戻る.結局、windowsxpのインストールディスクを作成し(フロッピー6枚分!)回復コンソールでFIXBOOTを実行して回復した.ただ、CHKDSKをかけたときに「ボリュームに回復できない問題が1つ以上あります」というメッセージが出ていたのでまた不調になるかもしれない。明日はwindowsxpのCDを持参して学会参加かな。とんだ1日だった。

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2005/03/24

Science 記事:言語のネットワーク

Natureの3/17号に言語の構文法は自動的に形成されるという記事が載っている。個々の単語を同じ物と関係しているかどうか(例:食べ物という事物は「食べる」という動詞にも「有機物」という単語にも関係しているので「食べる」という単語と「有機物」という単語をつなぐ)で結合させるネットワーク構成をするとジッフ則まで出てくるという。文章を話すのは案外簡単?

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Bioinformaticsから査読依頼

Bioinformaticsに最近、論文が掲載されたということは書いたかもしれないが、なんと驚いたことに査読依頼が。まだ、生物関係の論文なんて一本しか書いてないのに査読依頼がくるのか、と思っていたら、"Please also be aware that only 1 in 5 papers is accepted by the journal "などと書かれいる。要するに「論文を一本通したら、4本査読しろ」ということなのね。トホホ。

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学会講演(nMDS)

日本物理学会第60回年次大会 の講演、研究の方もアップしておこう。年会なのに2つも話せるのかって?教育分科は特別扱い。年会でも研究以外にもう一個講演が許される。ということでみなさん、ぜひ、教育分科で講演してね。
 研究の内容は簡単に言うとnMDSを使って遺伝子発現実験を解析すると、注目している実験と関係ない遺伝子を排除して「きれいな」データにできそうだ、ということ。これはかなり画期的だと思う。もっとも、僕が講演するセッションにはこういうことに興味ある人は皆無なのだが。そろそろの物理学会に行くのはやめて日本分子生物学会とかに乗り換える潮時なのかもしれない。

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卒業式

今日は卒業式だ。本当なら無事、学生を送り出してほっとするべきなのだろうが、ここ数年、あんまり喜べない状態ではある。この様に感じてしまうことと田口研に卒研生も院生もいなくなりつつあることはきっと独立ではない。一言だけ。
「日本は世界一卒業しやすい国だということをただ書いてあるグラフなんですけども、これがOECDのグラフとして載っています。 そして、日本は今かなり大学に入りやすい国でもあるわけです。つまり、大学に入りやすくて出やすい国というのが今の日本の大学の姿であることについて、日本人として、もっと真剣に考えるべきだと思います。」
(米澤 彰純(よねざわ・あきよし)
大学評価・学位授与機構評価研究部助教授)
朝日新聞シンポジウム「転機の教育」 大学変容——法人化という衝撃の行方 2005年2月24日(木)東京・有楽町朝日ホール

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2005/03/23

カーネル法とMDS

結局、カーネル法とMDSの関係はOn a Connection between Kernel PCA and Metric Multidimensional Scalingという論文(Machine Learning, vol. 46, pp.11-19, (2002) )に書かれているようであった。要するにカーネル法は類似度がカーネルであるMDSにすぎない、ということのようだ。簡単な話だった。じゃあ、なぜ、カーネル法が騒がれるか?解らない。

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学会講演(教育分科)

日本物理学会第60回年次大会の講演の準備をする。まずは領域13(物理教育)での講演の分から。別に、教育を研究より優先しているのではなくて、日程がさきだからである。ずっと講義でとったアンケートの解析を講演してきて、今回はもう8回目だが、今回は珍しく、アンケートを参考に講義を「改善」したら効果があがりました、という講演である。具体的には、物理を高校でやって来なかった学生向けのクラスで難しいレポートをバンバン出したら成績がすごく向上した、ということである。やはり、大学は自ら助くる者を助く、なのじゃないだろうか。それでいいと思う。

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2005/03/19

3月の物理学会誌編集委員会

今日は、月一度の日本物理学会誌の編集委員会。何を議論したかは「部外秘」だから何も言えないけれど、大体、10:00頃に集まって、12:00過ぎには帰る。この様な短い時間の編集会議で毎号雑誌が出せるのは、学会誌の事務局に担当の方がおられていろいろやって下さるからだ。僕が編集委員をやっているもう一つの雑誌である大学の物理教育誌の方は、学術図書の社員の方が献身的に頑張ってくださっている。事務局からの実務上の応援はあまりない。これはいずれなんとかしなくてはいけないとは思うのだが、難しい問題だ。どうすべきだろうか?

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2005/03/18

HiT-MDS その2

Hit-MDSの彼にメイルしたら早速返事が来た。どうも、彼氏も周囲に「受け」なくて困っているらしい。どうみても日本で言えば助手以下の若手のようだし、自分の意志でやっているとしたら、受けないのも無理はないだろう。僕や大野さんがやっても全然注目されないようなことを若手がぽつんと一人でやっても厳しいよね、きっと。できるだけ勇気づけてあげよう。

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カーネル法

カーネル法nMDSの関係についていろいろ悩む。同じ非線型変換だがカーネル法はなんでもできるが、逆に、制限無さ過ぎでうまく行ってもカーネル法が無理矢理正しい結果を出してしまっただけかもという疑念が拭えない。nMDSは恣意性が低いが、できないことも多い(例えば、馬蹄形を直線に伸ばしたりはできない)。しかし、世間のはやりはカーネル法だ。うまく行けばなんでもいいということじゃないだろうが、うまく行かなければどうしようもない。カーネル法について勉強不足なだけかも。経験をつまないといけないのかもしれない。しかし、時間がない。

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2005/03/17

HiT-MDS

今日、大学に来ると久しぶりに書いた論文についてのメイルが来ていた。「僕らも同じようなことやってるよ」というメイルであった。幸いにもこっちはもう刊行されていて、2年弱前には投稿していたのに対して、向こうはまだ投稿中だった。内容を見てみると血の気が引くほどやっていることが似ている。こっちは7,8年越しだから、やっぱり完成度はずいぶんと勝ってはいるものの、その気になれば向こうも追い付けるんじゃないかと思う。向こうはまだ20代の若手みたいで、だからこそわざわざメイルを送ってきたりしたんだろうけれど、これは厳しいことになってきた。outstandingなことを研究するのは本当に難しい。すぐ、他人と同じになってしまう。悲しいことだ。

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町田高校出張講義

昨日は町田高校で出張講義だった。大学時代の友人が町田高校の物理の教員をやっていて呼んでくれたのだ。講演内容はこんな感じだったが、生徒からの質問もあまりなく、受けなかったかもしれないとちょっと心配になった。大学は、大学や理工学部のパンフレットや僕が掲載されている20人のナビゲーターやら送ってくれたのだが、結局、印象を悪くしてしまったかもと心配になる。肝心の友人とは話す暇もなかったのだが、校長先生の話では高校も中学に出張講義する時代なのだとか。また、大学から教員が来てくれるのもここ数年のことでちょっと前までは個人的なコネクションでもないと難しかったとか。少子化の影響はいろいろな方面で出ているようだ。
講義はいろいろな分野で平行して行われたのだが、同じ大学の先生とか青学の先生とか来ていて、ああ、やっぱりこのあたりのクラスの大学が、高校から見てもそこそこ有名で、大学側も生き残りに必死ということで出張講義に呼びやすいのかなと言う気もした。いずれにせよ、私学の生き残りはこれからますます厳しくなるだろうなあ。

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2005/03/15

Nature 論文:絶滅周期

Nature最新号に新しい絶滅周期が発見されたという論文が掲載された。5大絶滅とか有名ですが、その同じデータなのに、6200万年の周期があることに誰も気づかなかった。ポイントは周期を見る前に3次の多項式でトレンドを除去したことにある。これぞコロンブスの卵。あまりにも周期がはっきりしているのでなぜこんな周期があるのか大騒ぎになるだろうとのこと。それにしてもこの論文を書いたのはバークレーの物理学者だとか。うーん、僕でも書けたかも。残念。

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数学セミナー

この3月まで数学セミナーに書評を連載していた。いろいろ反響(反発?)が怖くて黙ってたけど、もう終わったからいいだろう。今日、僕のコーナーの後釜が吉永 良正 であることに気づく。僕の前任者は小山慶太...。出版社は何を考えて僕なんかを選んだんだろう。理解不能。

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metaware05 (第2日)

午前中は子供を医者に連れて行くというアクシデントがあり、午後からの参加。Exponential Families for Estimationという講演はあまりに勉強不足でよく解からず。Kernel LearningとかSupport Vector Machineに関係しているのはよくわかるが。後でここを勉強しろ、ということらしい。はここ。その後PLRMというものの説明を受けたが、これもよく解らず。それからポスターセッションで発表して(あまり人は来なかったが)おしまい。バンケットには行かず。ああ、もっと勉強せんといかんなー。それにしてもカーネル法が大はやりで驚く。これがこんなに流行る理由はなぜだろう。

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統計数理研究所

3/14-15に参加した研究会は統計数理研究所の主催である。この研究所には昔、研究会の場所を借りたりしていろいろお世話になったし、久しぶりに行って懐かしかった。(この後に書いてあった部分は削除しました。4/8記。謹んでお詫びします)

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お詫び

モンテカルロ法の新展開3のことを書いた時に、招待してほしいと思っているかのような書き込みをしたために関係者の皆様に混乱を招いたことを今日知りました。深く、お詫びします。以後、気をつけます。

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metaware05

3/14はMetaware05に参加。雑用を果たすため午後に大学にもどったので、午後1のセッションは聞き逃す。午後2のセッションは脳波でデバイスをコントロールするという研究の報告が2つ続く(これこれ)。脳波の検出だけでテトリスができる。画面を見ながら「回れ!」とか念じると脳波を検出してブロックを回す。しかも、実は、「回れ!」と念じる前に動くようになる。つまり、意識より先に決断が来ているのだ。面白いと同時に空恐ろしい研究だった。nMDSがこれに使えそうであるのも面白い。要するに脳波を見て、何をしたいと思っているのかを決めろという話だから、nMDSの得意技のはずだ。今度、やってみよう。

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2005/03/12

科目等履修生

本日は科目等履修生試験であった。中央大学の理工学部で在学中に中高の教員資格をとることができるのだが、在学中にとりきれなかった人、卒業後改めて教員資格をとりたい、という人はこれになって資格取得を目指す。基本的に書類選考が多いのだが、卒業して時間がたってしまった人などは卒業生でも面接をする。教員資格は取得しても教員の採用が無くて教員になれないという時代が長く続いたが、退職者が増えたせいなどでにわかに就職口が増えているため、受験生も増えている。しかし、教員はやっぱり、責任が重い職業だし、いいかげんな気持ちで志望するようなものではないと思う。教員を目指すからにはそれなりの決意をもって目指してほしいと思う。

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2005/03/10

Science 特集:カッシーニ

ほとんど自分用のメモ状態だがカッシーニ特集。こういうのをのんびり読めるほど暇ならきっと幸せなんだろうなあ。
ちょっと読んだだけでもう次の号が来てしまったのであまり読まないとおもうので、目についたことだけ。何より、リモートの観測(人間は行ってない)なのにここまでのデータがとれることがすごい。目につくのは高精細な画像の数々。いずれは動画をリアルタイムで送信できるようになるだろう。そうなれば「時差」以外は人間が行っているのと変わらなくなるだろう。磁気データの豊富さもすごい。ダイナモ(磁場を作る機構)とかまで議論できてしまうようだ。おそろしいとしいいようがない。本当にすごい。

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2005/03/08

Nature 論文:錯視の法則

Nature 3/4号に錯視の論文が掲載されている。この図は表紙からだが、ヒッチコックのシルエットとおぼしいこれらの画像には、実は、何の違いもない。背景の色調の違いがこれを生み出す。実はこういうことには興味があってコンピュータ・グラフィックスという講義でこのネタを取り上げたばかりだ。院生さんと論文修論も書いた。(しかし、論文の方は投稿したものの、査読で戻ってきてしまい、このままお蔵入りの模様である)。講義のページには面白いプレゼンへのリンクもはって置いたので見て欲しい。

追記:続きを読んだので内容をちょっと書いておこう。どうしてこれらの絵が違って見えるか?これらの絵はあたかも霧の向こうに絵があるように描かれている。霧の色は一方が白で一方が黒。すると、黒い霧の向こうのものは、本当はもっと白いはずだ、と視角は判断し、現実より白い色を我々に認識させる。一方、白い霧の向こうのものは、もっと黒いと解釈される。この結果、同じ色なのに違って見えるのだ。ここには面白い動画もあるみたいなんで、見てみよう!

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卒論発表会感想

昨日は3研究室合同の卒論発表会であった。悪いことは例によってここには書けないのでいいことだけ書いておこう。発表の出来という点から見れば修論の発表会であってもおかしくないような発表がいっぱいあった。聴衆には来る義務の無い人も多く含まれており、いい雰囲気であったと思う。来年もぜひ、やった方がいいと思う。できれば、卒論発表会を個別にやっている他の研究室も含めて、大々的にできればもっといいかなと思う。

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2005/03/03

オーパーツ

ここにすごいトラックバックがついた。オーパーツとかいうやつである。しかし、どうなんだろうか。僕のブログを見に来る人でオーパーツも信じてるなんて奇特な人がいるのだろうか?見に来ている皆さん。僕がトラックバックを消してないからって、認めてるわけじゃありませんよ。こんなのでたらめですから。信じないでね。

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Nature 論文:代謝ネットワークの分類

Nature 2/24 号に
複雑な代謝ネットワークの分類
という論文が掲載されている。ポイントは、ネットワークの結合具合を解析して、強く結合する集合(モジュール)をみつけるアルゴリズムを開発したこと。modularityという概念があり、簡単に言うと、モジュール間の結合が最低になるように、モジュールを定義するのである。これのペナルティ関数を導入してシミュテーテッド・アニーリングでペナルティ関数を最小化してモジュールをみつける、という方法である。まだ、後半のモジュールの生物学的な意味までは読めてないが、こういうのはどうなのかな、という気もする。一方でスケールフリーとか言いながら一方ではモジュールとか言ってるし、両立するのだろうか?よく解りません。

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2005/03/02

金子さんの意見

細胞工学の「特集 網羅的解析の先に見えてくるもの 物理学者の視点から 2004年4月号」に金子さんが「複雑系としての生命システムの論理:細胞状態の普遍統計則を中心にして/古澤力、金子邦彦」という記事を書いているようだが、そこには「科学史上、網羅的記述の後に理解が現れた試しはない」などと書かれているようだ。これはやっぱり、僕がやっていることが含まれる一連の研究への批判なんだろうなあ。でも、じゃあ、うまく行ったら「科学史上はじめて」になるんでしょ?だったら、挑戦する価値あるじゃない、というのはまぜっかえしなのだろうか...。

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対応分析でケース分類 : 続報

これの件だが、ようやくうまく行った。あの後、結構、まずいことになっていたのだ、実は。しかし、nMDSでできることを確認。実に簡単な話だった。こんなことに時間がかかるとは。焼きが回ったな。

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ISMB2005

ここで触れた表記研究会は、結局、共同研究者が代わりにポスターをやってくれることに。ミシガンでやるのに、共同研究者がイリノイにいるのだから、僕が行くのもばかな話だった。まだ、オーラルに選ばれる可能性もちょっとはあるようである。僕はECCB05を狙うことにした。申し込みはちょっと先である。

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ナノバイオダイナミクス:プログラム

表記研究会プログラム

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卒研発表会プログラム

卒研発表会プログラムをアップしておこう。これだけ分野が入り交じるとちょっとシュールだ。

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来年度の卒研2

ほぼ2名が確定と書いた来年度の卒研生の数だが、実は1名であることが昨日判明。書類の見落としだった。卒研生が1名なのは久しぶりである。

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2005/03/01

Science 論文:受動歩行ロボット

二足歩行玩具というものがある。斜面をとことこ歩いていく奴だ。それがいかにも「歩いている」という感じなので生きているような感じがして面白い。Science の2/18号には二足歩行玩具に動力をつけて平面を歩けるようにすることで人間の二足歩行を研究するという論文が掲載されている。僕は専門家じゃないけど、どうも、こういうやり方をすると省エネルギー的にすぐれた歩行機械になるようだ。つまり、二足歩行玩具がいかにも「歩いている」ように見えたのは、実際に我々がそうやって歩いていたから、ということかもしれない、ということだ。すっと前に多賀厳太郎さんが二足歩行のシミュレーションをやっていたが、彼からみるとこういう論文はどう見えるんだろうか?意見を聞いてみたものだな(こういうときにみんながブログをもっていればトラックバックするだけで済むけれどそうはいかないのが残念)。
参考:ここにあるムービーは誰でも見られるはずだから見てみよう!

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Science 記事:生物をバーコードする

Science 2/18号に生物をバーコードするという記事が掲載されていた。要するに勘と経験に頼りがちな分類学をDNAの断片で種を区別するようにして客観化しよう、という試みなのだ。そのためには「種内変異」は少なくて「種間変異」は大きなDNAの部位の発見が欠かせない。この記事ではCOI(ミトコンドリアゲノムの一部らしい)というものが有力候補らしいが、両生類ではうまくいかないらしいことも書かれている。いずれにせよ、ここまで来たかと感慨深い物がある。
参考:CBOL

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