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2005/02/28

研究者のブログ

自分のブログがこんなところで取り上げられているのを知って驚く。初めてまだ一ヶ月がいいところなのに、もうこういうところで取り上げられている。インターネットおそるべし(ちなみに、僕が目指しているのは一応、そこで述べられているようなことではあります)。

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マイヤー、死す

エルンスト・マイヤーがなくなった。まだ、ご存命とは知らなかった。彼は確実に歴史上の人物だとばかり思っていた。100歳まで生きたそうだ。彼は例えば、こんな人である。こんなこと書いてる人までいる。日本ではあまり報道されなかった。欧米ではどうなのだろう。

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Science 論文: 神経活動をPCAする

ちょっと遅れ気味なのだが、Scienceの2/11号に ヒルの神経活動をPCAするという論文が掲載されている。勿論、論文の主眼はそういうことじゃないのだが、要するに、百個以上のニューロンの活動を記録してPCA(主成分分析)で処理して次元を落とし、ニューロンの活動と行動を関係づけよう、という試みである。これはもろにnMDSでやるべき仕事ですな。しかし、手が足りないのですが。

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卒論発表練習

土曜日に修論発表会が終わったばかりだが、今日は卒論発表練習をした。いままで、卒論は書いてもらっていても、発表会はやっていなかった。主な理由は、様にならないから。発表会をやるとなれば練習をしないといけないが、一生懸命練習して本番も同じ聴衆ではしまらないことこの上ない。その点、今年は他の2つの研究室と合同でやることになったので、卒研生も「練習」と「本番」の違いが認識できているようである。既に2回練習したが、更にもう一回、練習する予定。修論発表会だって、2,3回しか練習してないのに、卒論発表会で3回練習はやりすぎかな...。また、卒研生が来なくなりそう。

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2005/02/26

Science 論文: ネアンデルタール人の代謝と骨格

Science 2/11 号にネアンデルタール人の代謝が現代人よりずっと高く、エネルギー収支がかつかるだったろう、という論文と骨格から遺伝的関係性を議論しようとしても難しいよ(ネアンデルタール人はヨーロッパ人の直系の祖先だと「誤認」されていたのはそうそう昔のことじゃない)という記事が掲載されていた。こんな風に物理っぽい研究や数理統計的な研究がきちっと「文系っぽい」分野と結びついているところは欧米の強みだと思う。NEANDERTALS REVISITED MEETINGとかいうミーティングの講演内容らしいけれど。WEBではヒットせず。

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修論発表会

昨日今日と修士論文の発表会。悪いことはここに書くわけには行かないからやめておく。すごく感心するのはみな発表がうまい。聞いていて「こいつ何しゃべってるのかわけ解んないぞ」とか言う人は誰もいない。発表にコンピューターを使うようになって、きれいな絵や写真、アニメーションを使えるようになったのも大きいだろうが、たった一人だけいた昔ながらのOHPでの発表の学生も解りやすくまとめていたから、それだけでもないだろう。中身よりもプレゼンって世代なんですかねー。

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2005/02/25

来年度の卒研

あまり暗いことを書くのもどうかとは思うが、来年度の卒研は2名が、ほぼ確定。他の研究室は基本的に8名であると書けば、「田口研」がダントツで不人気であることがわかるだろう。なぜ、こんなになるのか、というのことはおいおい書くにしても、ここ数年、ほぼこういう状態であるということは、記録に残しておこう。
明日(というか真夜中過ぎてるから実際は「今日」だが)は修士論文の発表会。おりしも大雪。波乱万丈ですな。

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2005/02/23

Advances in Chemical Physics

2003年に招待講演させてもらった国際シンポジウムでの講演録がやっと刊行されまた。WEBにはPartAしか情報がないですが、僕らの記事はPartBの315ページから掲載されています。去年の今頃に、死にそうになりながら書いていたのを思い出します。内容は非計量多次元尺度構成法(nMDS)を分類から、脳波、生態学、タンパク質のアミノ酸配列までいろいろなものに片っ端から使った場合の、preliminaryな結果を網羅的に書いてあります。どれくらいサーキュレーションがあるか解りませんが、ちょっとは読んでくれる人がひとがいればうれしいです。

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2005/02/21

Bioinfromatics 論文

Bioinfromaticsに対応分析でケース分類という論文が掲載されていた。というか、まあ、あたりまえの結果しか出てないようにも見える。nMDSで同じことをやったとして、意味はあるのか?
追記:やっぱやってみたけど、同じだよなあ。

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論文情報ナビゲーター

矢原徹一氏の日記 論文情報ナビゲーターというものを知る。日本語のWeb of Scienceみたいなものですね。田口善弘を入れてみると68件もでたけど引用はされてないの同じ少なさ。しかし、学会の予稿集(今の概要集)まででるとはすごい。

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今日の出来事

たまには今日の出来事を書いておこう。午前中は、3年前に東工大の大学院(地球惑星科学専攻)に送り込んだ院生さんが、無事卒業できました、とご挨拶にみえました。実に礼儀正しい方ですね。いろいろあったとは思うのですが、最後は「いいところを紹介してくださってありがとうございました」と言ってくれました。午後は卒研の発表練習と修論の発表練習。卒論の方はちょっと不安だったけど予想よりずっとよくできていました。修論の方は、もう、2回も学会で発表した皆さんなのでまあ無難に済みました。これらが終わらないと、ああ終わった、という気持ちにはなれないですね、なかなか。ということで今日は珍しく、研究室の学生さんたちとすごした時間が長かったです。いつもこうでないといけないのかもしれませんが。

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Metaware05

Metaware05 に申し込んでおいたポスターが受理された。ってこれは2/14の話なのだが、ブログには書き忘れたらしい。ここのP012です。まわりは統計の人ばっかなんで場違いかな。

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Scince 論文:ハキリアリのカビの排他性

Science 2/4号にハキリアリの栽培するカビには排他性があるという論文が載っていました。ハキリアリは葉を切り取って持ち帰り、それを苗床にカビを栽培してそのカビを食べるという習性をもっていますが、なぜ、ハキリアリは複数の種のカビを育てずに単一の種のカビを育てるかが解らなかった。今回、なんと、カビの方が他種を排除してアリに育てさせないという機能をもっていることが判明しました。人間の農耕も長い年月がたつと、稲が麦を攻撃したりするようになるんだろうか。カビ恐るべし。栽培されるだけが能じゃない!

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Bioinfromatics 論文: 遺伝子プロファイルを縮約する

古い論文ですが遺伝子プロファイルを縮約する論文を読みました。基本的に、PCAなんかと同じですが、因子分析みたいに特性量(因子)を別に定義してから、その線形結合でプロファイルを推定する、という感じ。というか、ベイズを使っていることを除くとこれは因子分析そのものなんでは、という気もしますが。どうなんでしょう。

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2005/02/19

「情報処理」 論文:特集 「ポストゲノム時代に高まるバイオ自然言語処理への期待」

「情報処理」の2005年2月号に
ポストゲノム時代に高まる バイオ自然言語処理への期待: バイオ自然言語処理最新事情
という特集が掲載されている。ずいぶん昔に 生命のプログラミング言語 という雑文を書いたことがあるが、今度は論文を自動的に分類して遺伝子の機能を逆に類推しよう、ということの様だ。いわゆるテキストマイニングと言われるような分野である。こんなんでなんか出るのかと思ってしまうが、どうなんでしょうね。

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Science 論文: タンパク質の動的ネットワーク

Science 2/4号に タンパク質の動的ネットワークの形成という論文が掲載されている。タンパク質は単独では作用せず、複合体を形成して機能することが多いが、この複合体の形成を遺伝子の発現データと統合して、ネットワークの時間変化を細胞周期の上にマッピングしようといいう試み。相手が酵母だからなんとかなるという話もあるが、ここまで来たかと感無量。

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2005/02/18

Science 論文:アロメトリーの進化

Scienceの2/4号にアロメトリーの進化の論文が掲載されている。アロメトリーとは、体の大きさと他の生物学的な量、たとえば、寿命とか、代謝率とかの間に成り立つスケーリング則である。これは種間で広く成り立つスケーリング則であり、これからはずれることは難しい。となると、生物が進化するときも、この法則の外には外れることができないはずである。この様な強い拘束条件は進化を阻害するはずである。なぜなら、体が大きくなったら寿命も伸びないといけないが、体が大きくなる遺伝子と寿命が伸びる遺伝子は、ぜんぜん別のもののはずだからだ。で、問題。生物が進化するときは遺伝的にアロメトリー則からはずれることができないのか、それとも、淘汰でアロメトリーから外れたものは子孫を残せないのか?
結論を言えば、後者であった、というのがこの論文の結論だ。チョウを例をとって、品種改良で強制的にアロメトリー(この場合は体の大きさと羽の大きさの関係)からはずれた個体を作ってみると、いくらでも作ることができる。ところが、これを異性とかけあわせようとすると、アロメトリーから外れた個体は1/3しか子孫を残せない。その理由が性淘汰なのかそもそも、交尾の競争で負けているのかはわからない様だが。遺伝子にはアロメトリーは書き込まれていないようだ。

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GENOME 2

2005年度の卒研生用に用意したゲノム2を読み始める。来週の水曜日に初回のセミナーがあるのでまさか読んでおかないわけにもいかない。改めて読むといろいろ面白い。しかし、600ページ近い大著だというので敬遠されて来年は卒研生が1,2名という状態。というか、数年前からいずれにせよ見捨てられててほとんど学生が来なくなってるんだけどね、卒研配属では。

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小論文採点システム

小論文採点サイトというものができたというので行ってみたが、「問題文を入れなさい」みたいな欄があって使えなかった。自分の文章を採点してみたかったのだが残念。

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Theoretical Biology Portal

阪大の時田氏 Theoretical Biology Portal を立ちあげたとメイルを頂く。Pukiwikiという改変可能なHPみたいなシステムである。よく見たことがあるのではないか。今は、ユーザ IDと、パスワードがかかっている。「知り合いには伝えていい」と言われてますが、ここを見るような人全てに伝えていいか怪しげなので、「自分は関係者だ(生物学の理論研究をしている/目指している)と思う人は時田さんか僕までメイルください。

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LAP

Liquid Association Pairsというものを知る。N個の対象物があり、それらが相関しているかどうかを見たい場合には基本的に2体の相関係数を見ることが多いが、ここに第三者が介在して、相関を変えていると複雑になる。例えば、Zというスイッチがあり、そのスイッチがオンならXとYは正の相関(Xが増えればYも増える)、オフなら負の相関、とか言う風になっているとすると、XとYの関係を見ただけではZがオン・オフの状態が混じってしまうので、正負の相関がお互いにキャンセルして、見た目上ゼロになってしまう。これを防ぐためにX,Y,Zの3つの関係をみよう、というものらしい。遺伝子の場合にはZがXとYの関係を決める、ということはよくあるので、重要なことのようだ。ただ、これは結局、XとYとZの掛け算の平均値をみるのと本質的には変わらないので、3体の相関を見ているだけである。となると組み合わせはN3あるわけで遺伝子が数百から数千あると到底、チェックしきれない。使い物になるのか疑問である。

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2005/02/16

砂丘の問題

JPSJ News and Commentsを書いた。WEBでだけ読める紹介文でNatureのNews and ViewsやScienceのPerspectiveみたいなものだ。最近、この分野から遠ざかっているので躊躇もあったが、いろいろあって書くはめに。反響が怖い.... .。

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2005/02/10

Nature 論文:群れ論文

同じくNature 2/3号に群れのリーダーは少数でいい という計算機の論文が載っている。モデルは普通の群れモデル。リーダーを入れるのだが、群れが大きいほど、リーダーの割合は少なくていい、というところがミソらしい。面白いけどちょっと平凡。

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Nature 論文:タンパク質ネットワーク

Nature の2/3号にタンパク質ネットワークの新しい論文が載っている。タンパク質複合体を解析して、一つの複合体を作る物同士をリンクさせたネットワークを作る。見た目は普通の遺伝子ネットワークとあまり変わらないようだが。大腸菌を使っている。いずれ、ネットワークの解析もMDSでやってみたい。ここで使われているBIの論文も気になる。遺伝子間の機能的なリンクを知るツールみたいだが。

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Sciene 論文:種の大きさ

Scienceの1/28の号にA Brief History of Seed Sizeという論文が掲載されていた。これは種がどう大きくなっていったかとかいうことを系統関係から議論した論文だという。系統解析ソフト というのも気になった。でもこの論文の「種の拡大具合頻度分布」って見るからにログノーマルだよな、と思ってしまう。やはり、いろいろな遺伝子がカスケード的にONになっていくからなのろうか。

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NIBB

NIBBに行ってきた。本当は今日までだったのだが、今日は試験監督があり昨日の夜中に戻ってきた。不勉強なのでいろいろ聞くことがみな知らないことなので面白かった。ネットワークという考えが、こんなにもてはやされているとは知らなかった。僕はポスターをやったがそんなにはうけなかった。やっぱり、場違いだったし。知らない人ばっかりかと思ったら、昔、東工大にいたころの院生だった門脇さんとかにも会ったし、大体、主催者の望月さんが、昔、僕が基研でやった研究会のどれかに院生時代に来ていたとかで、僕を知っていた。しかし、今はあっちの方が偉い。完全な逆転現象ですな。それにしても、Nature, Science,PNAS以外は論文と見なさない、というのがすごく徹底してきている。これじゃあJPSJなんかに誰も出さないのも無理ないよなー。金子研の助手の人もPNASに投稿した論文が通ったばかりだった。こういう雑誌に載せないといけない時代とはシビアですな。しかし、スケールフリーネットワークなんて今ははやってるけどすぐすたれそうだな。あれはただのログノーマルじゃないか、という発表も多かったし。両ログで「一桁強」しか直線に乗らないのに自己相似とは許せないと怒っていた松下さんが結局は正しいのかも。

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世界物理年

今年は「世界物理年」というものである。アインシュタインが3本の重要な論文を出版した1905年からちょうど100年の年だから。実際は「物理離れ」を押しとどめたいという啓蒙活動の年なのである。世界物理年日本委員会というものもできた。というわけで皆さん、物理を啓蒙しませう!

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2005/02/05

裏ジャニ

裏ジャニに出演した。2/1の回。内容は、100メートル走のタイムを縮めるためにゴムパチンコでダッシュしたり、風を送ったり、滑車でひっぱったりするのだが、なぜか、合間に僕が登場して何か言うのである。言っていることは「パチンコで加速すると早く最高速度になるので、遅い速度で走っている距離が短くなりますので、全体として速いタイムで走ることができます」とかいうような身もふたもない話なのだが、それでも「大学の先生」のコメントが欲しいらしい。本当は他の教授のところに来た話なのだが、あまりにくだらないのでこっちに回ってきた、ということなのだろう。カメラ撮りも一発OKだった。これで、伊東家の食卓、トリビアの泉に続いて3度目のTV出演だったが、さすがに3回目となると我ながら慣れたらしい。今度は夜中だったので黙っていたしほとんど誰にも気づかれなかったようだ(ある学生には「昨日、TVでてたでしょう?」とかいわれたけど。

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